Antiguamente pertenecía a la jurisdicción del distrito e Encarnación, del cual luego se desprendió.

El Distrito de San Juan del Paraná fue creado por la Ley Nº 1355 del 19 de diciembre de 1988 durante la presidencia del Gral. Alfredo Stroessner, desafectándose del Distrito de Encarnación. La ley fija en forma clara y definitiva sus límites, y crea una Municipalidad de segunda categoría para administrar los intereses del Distrito creado por esta ley, de conformidad con la Ley Nº 1294/87 Orgánica Municipal.

Fuente: Itapúa Historia – Descripción – Estructura Política. Autor: Dr. Ramón Enrique Reverchon. Año 2017