Fue fundada por el gobierno consular de Carlos Antonio López y Mariano Roque Alonzo según Decreto del 24 abril de 1843. El motivo fue oficializar el lugar como asiento de un pueblo, inicialmente formado por la población nativa de Itapúa, convertida por Decreto del 8 de abril de 1843 por el mismo gobierno en Villa Encarnación, puerta abierta al comercio y a las relaciones con el exterior.
Antes de la Virgen del Carmen, patrono del paraje original de Tuparay en la estancia real allí existente, era el Hijo de Dios. Con la fundación cambió el patronazgo.
Por Decreto del 3 de diciembre de 1900 del presidente Aceval se creó en Carmen del Paraná una Junta Económica Administrativa. El Decreto Nº 17912 del 10 de setiembre de 1.927, de conformidad con la Ley Orgánica Municipal Nº 915, elevó la Municipalidad de Carmen a la tercera categoría.
Después de las leyes orgánicas municipales, rige en la actualidad la Ley Orgánica Municipal Nº 3.966/2010.