Inicialmente fue un paraje maderero de la empresa Barthe, propietaria de grandes extensiones de tierra, atendido por su lugarteniente de nombre Natalio, oriundo de Corrientes, Argentina, y encargado del personal. Era cruel, refieren las crónicas, con los mensualeros o «mensú» que trabajaban en el establecimiento. En su honor y reconocimiento a su lealtad Barthe bautizó el lugar con su nombre.
Poblado después por laboriosos agricultores de distinta procedencia, se fue formando una población crecida y progresista. En virtud de la Ley Nº 484 del 4 de diciembre de 1974, en la presidencia del Gral. Alfredo Stroessner, el poblado fué elevado a categoría de Distrito con el nombre de Domingo Robledo, un ex combatiente de la Guerra del Chaco. El nuevo Distrito fue desafectado del Distrito de Capitán Meza a cuya jurisdicción pertenecía.
Por Ley Nº 66 del 1 de enero de 1990 durante el gobierno del Gral. Andrés Rodríguez, se dejó sin efecto la nominación de Domingo Robledo, y al Distrito se le restituyó el nombre de Natalio en honor del «capanga» del terrateniente Barthe.