Como la misión de Jesús, la Trinidad sufrió los mismos percances y persecuciones por los «bandeirantes» paulistas. Fundada en las regiones del Guairá en el lugar denominado Caápy con el nombre de San Carlos Borromeo en 1631 por el Padre Pablo Palermo, fue destruida por los «bandeirantes». Con los sobrevivientes se dio origen a la Reducción de Trinidad en la Sierra del Tape entre las Misiones de San José y Santos Mártires, también destruidas y saqueadas así como otras instaladas en la región.

En procura de mayor seguridad, los pobladores de Trinidad y sobrevivientes de las otras reducciones, cruzaron el Paraná a la margen derecha y vinieron a instalarse en el lugar en que se encuentra en la actualidad sus ruinas, cerca del arroyo Capiívary.

El padre Juan de Anaya asumió la proeza del traslado de los pobladores hasta su lugar definitivo. En ese sentido puede atribuírsele la refundación de Trinidad en 1712. Allí se erigió la estructura monumental de la Misión de Trinidad cuya construcción estuvo a cargo del arquitecto Hermano jesuita Juan Bautista Prímoli. Hoy solo quedan los vestigios de su grandeza y belleza.

Por Decreto del 7 de febrero de 1908 durante el gobierno de Benigno Ferreira, se creó la Junta Económica Administrativa del pueblo de Jesús y Trinidad todavía formando una unidad política, aunque eran pueblos diferentes.

Por Decreto N 27912 del 10 de septiembre de 1927 durante el gobierno del Dr. Eligio Ayala, se dispuso que la Municipalidad de Jesús y Trinidad fuera de tercera categoría de conformidad con la Ley 915 Orgánica Municipal.

La Ley Nº 1193 del 31 de agosto de 1966 durante el gobierno del Gral. Alfredo Stroessner determinó la separación de los pueblos de Jesús Trinidad, hasta entonces fusionados, creándose sendos distritos con respectivas Municipalidades de segunda categoría de conformidad con la Ley Nº 222 Orgánica Municipal, con límites bien definidos.

Las respectivas Municipalidades se organizan en la actualidad bajo el imperio de la Ley Nº 3.966/20210 Orgánica Municipal.

Fuente: Itapúa Historia – Descripción – Estructura Política. Autor: Dr. Ramón Enrique Reverchon. Año 2017