Su nombre deriva del Parque Nacional que se encuentra en su territorio con la prominencia de la serranía San Rafael.

Se encuentra al Noreste del Departamento de ltapúa. Su población se compone de paraguayos, alemanes, japoneses y brasileros.

La Ley Nº 726 del 12 de noviembre de 1978 durante el gobierno del Gral. Alfredo Stroessner, elevó este poblado a la categoría de Distrito con el nombre de San Rafael del Paraná comprendiendo las colonias de San Rafael, Ape Aimé y Alborada, desprendiéndose del Distrito de Capitán Meza; determinó sus límites definitivos, y creó una Municipalidad de tercera categoría.

Fuente: Itapúa Historia – Descripción – Estructura Política. Autor: Dr. Ramón Enrique Reverchon. Año 2017