La Compañía de Jesús fundo entre el río Tebicuary y el río Uruguay, río Paraná de por medio, treinta pueblos. Entre ellos el pueblo de San Cosme y Damián. Su fundador fue el Padre Adriano Formoso en fecha 25 de enero de 1634 en el paraje conocido como Ybyty-mirí, actualmente territorio de la Provincia de Misiones, República Argentina, entonces perteneciente a la Provincia Gigante del Paraguay.

La reducción no tuvo el éxito esperado por la proximidad de otras que atraían al mayor número de neófitos. Esto motivo su traslado en 1698 a la Misión Nuestra Señora de la Candelaria donde el pueblo sancosmeño permaneció 22 años. La nostalgia motivó que volviera toda la gente al antiguo lugar de su fundación. La situación tampoco mejoró, por cuya causa los pobladores decidieron cruzar el Paraná y se establecieron en el terreno de la confluencia con el arroyo Aguapey donde permanece en la actualidad. Esto ocurría en 1740, año que arranca su permanencia en el lugar. Allí se construyó el edificio de la Misión cuyos restos aún se conservan en parte. En esta Misión realizó sus observaciones astronómicas el P. Buenaventura Suarez, célebres por su exactitud.

Por Ley Nº 345 se amplían los límites de San Cosme y Damián con desprendimientos del Partido de Santiago. Por Decreto Nº 40.178 del 16 de junio de 1978 se amplió el radio urbano de San Cosme y Damián a 2000 metros al Este, al Oeste, al Norte y al Sur hasta el río Paraná a partir del atrio de la Iglesia.

Por la Ley Nº 56 del 19 de diciembre de 1913 se dispuso un desprendimiento territorial de San Cosme que se anexó al Distrito Electoral Nº 11 que pasó a denominarse distrito de Coronel Bogado con capital en Caí Puente.

Por Decreto Nº 27912 del 10 de septiembre de 1927 del gobierno del Dr. Eligio Ayala, la Municipalidad de San Cosme fue incluida entre las Municipalidades de tercera categoría de conformidad con la Ley Orgánica Municipal Nº 915.

Actualmente ella se rige por la Ley Orgánica Nº 3.966/2010 como todas las de la República y ella establece a qué grupo categorial pertenece.

Fuente: Itapúa Historia – Descripción – Estructura Política. Autor: Dr. Ramón Enrique Reverchon. Año 2017